בית המדרש מכלל יופי^* יחד עם בית הכנסת קרית חנה דוד נוסדו בשנת 1985 ע”י הרב הגאון רבי דוד אבן כליפא זצ”ל לעילוי נשמת רבו, הרב הדיין  הגאון רבי דוד הכהן סקלי זיע”א,  מגדולי הפוסקים בדורו בצפון אפריקה. מטרתו העיקרית הייתה לייסד בירושלים מקום מוקדש ללימוד התורה ולתפילה על פי המסורת הספרדית עתיקת היומין.

לאחר פטירת הרב אבן כליפא בשנת תשנ”א, תלמידו המובהק ונאמן ביתו, הרב מנחם שוראקי נתמנה על פי צוואתו להיות ממשיך דרכו. מאז הוא מנהל את  כל הפעילויות של בית המדרש ובית הכנסת.

כשלושים תלמידים פוקדים תמידין כסדרן את שערי בית המדרש, משתלבים במסגרת השיעורים וממשיכים לעבוד ולהיות מעורבים בחברה הישראלית.

כל מקצועות התורה נלמדים על פי השיטה הספרדית תוך כדי שימת דגש מיוחד על עיון בפשט הכתוב ובכללים המיוחדים לקטע הנלמד.

במקביל למסגרת הלימודים, העמותה מארגנת פעילויות המושכות מספר הולך וגדל של משתתפים מידי שנה. פעילויות בעלות אופי חברתי ותרבותי הפתוחות לקהל הרחב כגון הרצאות, הילולות, נסיעות לקברי צדיקים, הקרנות סרטים, ערבי עיון וטיולים.

ברם, הפעילות המרכזית של העמותה נשארת ללא ספק ההוצאה לאור של ספרים וכתבי יד, ברובם בלעדיים ונדירים, של מורשת חכמי ישראל בצפון אפריקה.

*העמותה נקראת על שם פירוש על התורה שחיבר הרב דוד אבן כליפא שנלקח מהפסוק בתהילים (נ’,ב’) מִצִּיּוֹן מִכְלַל יֹפִי אֱלֹקים הוֹפִיעַ.